Particulièrement emblématique des chantiers de réorganisation engagés dans le cadre de la RGPP, la direction générale des finances publiques (DGFiP) a été créée en avril 2008, par fusion de la direction générale des impôts et de la direction générale de la comptabilité publique.
La direction générale de l'administration et de la fonction publique (DGAFP) fait désormais partie intégrante du ministère, permettant une stratégie mieux coordonnée des moyens financiers et humains de la fonction publique.
Une délégation nationale à la lutte contre la fraude (DLNF) a été créée ; elle est notamment chargée de veiller à l'efficacité et à la coordination des actions conduites en matière de lutte contre la fraude menées par les différents services de l'État et entre ces services et les organismes de protection sociale.
Créé en mars 2009, le service des achats de l'État est chargé de définir et mettre en oeuvre la politique des achats courants des services de l'État.
Avant la création, en 2009, du service des retraites de l'État, nouvel opérateur du régime de retraite et d'invalidité des fonctionnaires de l'État (service à compétence nationale rattaché à la DGFiP), l'ex-service des pensions s'était réorganisé en 2008, notamment pour adapter ses structures à la mise en oeuvre du droit à l'information sur les retraites (Compte individuel retraite).
À signaler encore les réorganisations internes de la direction générale de la modernisation de l'État (DGME) pour s'adapter au nouveau cadre de la RGPP, de la direction du Budget (réforme du contrôle budgétaire) et de l'agence pour l'informatique financière de l'État (déploiement de Chorus).
Prévue par la loi de modernisation de l'économie, une ordonnance de janvier 2009 a créé l'autorité des normes comptables, par fusion du conseil national de la comptabilité et du comité de la réglementation comptable ; cette autorité fixe les règles de comptabilité privée.